インフルエンザ予防接種とインボイス制度とは？企業対応を解説

2025.02.18

インフルエンザの予防接種は、従業員の健康維持増進に役立ち、企業の生産性向上にも繋がります。

しかし、会社がその費用を負担する場合、インボイス制度の対応に頭を悩ませる企業も多いのではないでしょうか。

特に、消費税の処理や請求書の宛名、仕入税額控除の可否など、経理担当者にとっては複雑な問題です。

本記事では、企業が従業員のインフルエンザ予防接種費用を負担する場合のインボイス対応について、具体的な手順や注意点などを解説します。

インフルエンザ予防接種とインボイス制度の関係性

インフルエンザ予防接種における消費税の扱い

インフルエンザ予防接種には消費税が課税されます。

これは、予防接種が医療行為の中でも「療養、医療、施設療養に係るもの」に該当しないためです。

そのため、予防接種費用には消費税が加算され、請求書に記載されます。

会社が費用を負担する際は、消費税込みの金額を支払う必要があります。

会社負担のインフルエンザ予防接種と請求書の宛名

請求書（領収書）の宛名は、会社が費用を負担する主体であるか、従業員個人が負担する主体であるかで対応が異なります。

会社が直接医療機関に支払いを依頼し、会社宛に請求書が発行される場合は、宛名は会社名になります。

一方、従業員が立替払いし、後から会社で精算する場合は、領収書の宛名は従業員個人の名前になります。

請求書がインボイスでない場合の対応

医療機関が適格請求書発行事業者でない場合、発行される請求書はインボイスではありません。

インボイス制度開始後は、原則としてインボイスがないと仕入税額控除はできません。

しかし、経過措置として、2023年10月～2026年9月末までは免税事業者からの仕入につき80％、2026年10月～2029年9月末までは50％の仕入税額控除が可能です。

また、少額特例が適用される事業者であれば、税込1万円未満の取引はインボイスの保存がなくても一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入れ税額控除ができます。

仕入税額控除と適格請求書発行事業者

会社がインフルエンザ予防接種費用を負担し、医療機関からインボイス（適格請求書）を受け取った場合は、仕入税額控除が可能です。

仕入税額控除を行うには、医療機関が適格請求書発行事業者として登録されている必要があります。

免税事業者との取引と経過措置

医療機関が免税事業者である場合、インボイスは発行されません。

この場合でも、上記の通り経過措置が適用されます。

インフルエンザ予防接種インボイス対応の具体的な手順

会社負担の場合の経理処理

会社が直接医療機関に支払う場合は、請求書に基づき仕入税額控除を行い、経理処理を行います。

勘定科目は「福利厚生費」が一般的です。

従業員立替精算とインボイス

従業員が立替払いした場合は、従業員から領収書（インボイスでない可能性あり）と立替金精算書を提出してもらい、精算を行います。

この場合、領収書がインボイスでない場合でも、経過措置を利用して仕入税額控除を行うことが可能です。

インボイス制度に関するよくある質問と回答

Q: インフルエンザ予防接種は経費計上できますか？

A: 全従業員を対象とした場合、福利厚生費として経費計上できます。

Q: 従業員が個人で接種し、会社が精算する場合、インボイスは必要ですか？

A: 必ずしも必要ではありません。経過措置や少額特例が適用される場合があります。

Q: 免税事業者から領収書を受け取った場合、仕入税額控除はできますか？

A: 経過措置期間内であれば、一定割合の仕入税額控除が可能です。

インボイス対応のための準備と注意点

インボイス制度に対応するためには、医療機関が適格請求書発行事業者であるかを確認する必要があります。

また、請求書や領収書の宛名、経理処理の方法などを事前に確認し、適切な対応を行うことが重要です。

まとめ

会社負担のインフルエンザ予防接種におけるインボイス対応は、消費税の扱い、請求書の宛名、仕入税額控除の可否、医療機関の事業者区分など、複数の要素を考慮する必要があります。

本記事で解説した内容を参考に、適切な対応を行い、スムーズな経理処理を実現しましょう。

特に、医療機関が免税事業者である場合の経過措置や、従業員立替精算時の対応については、注意が必要です。

適格請求書発行事業者との取引を優先することで、仕入税額控除を円滑に行うことができます。

従業員への周知徹底、必要書類の保存方法なども含め、事前に準備することで、混乱を避けることができます。

COLUMNコラム